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获1996-2000年度香港求是杰出青年学者奖、业务2005年国家自然科学二等奖（排名第三）、2012年获何梁何利科技进步奖和2015年周光召基金会基础科学奖。西门虚拟(4)生物医学传感与治疗。
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业务2016年获中国科学院杰出成就奖。西门虚拟2009年当选中国科学院院士。
